Najvyšším orgánom Justičnej akadémie je rada, ktorá má desať členov.
Piatich členov volí Súdna rada Slovenskej republiky z radov sudcov a piatich členov vymenúva minister spravodlivosti Slovenskej republiky. Dvoch členov rady vymenúva minister na návrh generálneho prokurátora Slovenskej republiky. Najmenej dvaja z piatich členov rady vymenovaných ministrom sú sudcovia.
Za člena rady môže byť vymenovaný:
a) sudca, ktorý je bezúhonný a ku dňu vymenovania vykonáva funkciu sudcu najmenej desať rokov,
b) prokurátor, ktorý je bezúhonný a ku dňu vymenovania vykonáva funkciu prokurátora najmenej desať rokov,
c) fyzická osoba, ktorá je bezúhonná, má vysokoškolské vzdelanie druhého stupňa získané na právnickej fakulte vysokej školy v Slovenskej republike alebo má uznaný diplom o vysokoškolskom právnickom vzdelaní druhého stupňa vydaný vysokou zahraničnou školou a najmenej desať rokov odbornej právnickej praxe.
Funkčné obdobie členov rady je päť rokov. Tá istá osoba môže byť vymenovaná za člena rady aj opakovane.
Zasadnutia Rady Justičnej akadémie sa konajú spravidla jedenkrát v kalendárnom mesiaci s výnimkou letných prázdnin v sídle Justičnej akadémie v Pezinku alebo v Detašovanom pracovisku JA v Omšení.
Pôsobnosť rady Justičnej akadémie určujú zákon a štatút, v zmysle ktorých rada najmä:
a) navrhuje ministrovi kandidáta na funkciu riaditeľa,
b) vypracúva a vydáva zásady výberového konania na funkciu riaditeľa a zástupcu riaditeľa,
c) volí a odvoláva si zo svojich členov predsedu a podpredsedu rady, a to nadpolovičnou väčšinou hlasov všetkých členov rady,
d) volí a odvoláva členov skúšobných komisií a ich náhradníkov podľa § 13 zákona,
e) schvaľuje návrh rozpočtu akadémie, ktorý jej predkladá riaditeľ,
f) schvaľuje ročný študijný plán na základe obsahovej náplne vzdelávania sudcov určenej súdnou radou po dohode s ministrom a obsahovej náplne vzdelávania prokurátorov určenej generálnym prokurátorom,
g) schvaľuje štatút akadémie, a to nadpolovičnou väčšinou hlasov všetkých členov rady,
h) schvaľuje skúšobný poriadok, a to nadpolovičnou väčšinou hlasov všetkých členov rady,
i) predkladá návrh ministrovi na odvolanie riaditeľa,
j) ukladá členom rady povinnosti vyplývajúce z jej pôsobnosti a upozorňuje členov rady na neplnenie úloh,
k) schvaľuje rokovací poriadok rady,
l) rozhoduje aj o ďalších otázkach v rozsahu a za podmienok ustanovených v tomto zákone, v osobitnom predpise a v štatúte akadémie.