Justičná akadémia Slovenskej republiky sa aktuálne podieľa na riešení a implementácii dvoch projektov.
Od septembra 2017 implementuje Justičná akadémia Slovenskej republiky na realizácii projektu "Rozvoj systému špecializovaného vzdelávania sudcov a justičných zamestnancov". Tento nosný projekt realizovaný v oblasti vzdelávania na Justičnej akadémii Slovenskej republiky je podporený Európskym sociálnym fondom v rámci Operačného programu Efektívna verejná správa.
Projekt "Sexuálne zneužívanie detí a zverených osôb" je financovaný Agentúrou na podporu výskumu a vývoja a Justičná akadémia Slovenskej republiky sa na jeho riešení podieľa od začiatku júla 2017.